1650
Gymnasium
I samband med 1649 års skolordning inrättas ett gymnasium i Härnösand som börjar sin under-visning detta år. Troligen använde man trivialskolans lokaler till en början, innan man uppförde en ny byggnad som var avsedd för båda läroanstalterna. Lärarlönerna år 1650 var mycket frikostiga:Lektor, 150 tunnor spannmål.
Konrektor, 100 tunnor spannmål.
Lärare, 50 tunnor spannmål.
Denna lönestat blev för dyr för kronan och redan 1652 reducerades den betydligt.
1651
Stadens första hantverksskrå
Det organiserades den 15 mars av Härnösands skräddare.
Bron mellan Härnön och fastlandet. Detalj ur "Suecia Antiqua et Hodierna".
1652
Ny stadsplan
Ett förslag om broförbindelse mellan Härnön och fastlandet via Mellanholmen samt en förändring av Stora Gatan (Storgatan) så att den blev ansluten till bron framlades.Detta genomfördes sex år senare - 1658.
1653
Sammanslagning av Härnösands och Hudiksvalls län
Drottning Kristina bestämmer detta år att Härnösands och Hudiksvalls län skall slås ihop. Utan landshövding förföll residenset (kungsgården) och i september 1696 var det borta.1654-1658
Härnösandsborna rustas för krig
Karl X Gustav tar 1654 över efter drottning Kristina och hans styre präglas av många krig. Härnösand får liksom övriga norrländska orter bidra med krigsfolk och utrustning. Härnösandsborna befalls i april 1657 av landshövdingen att rusta sig med musköter och krut. Folkmängden sjunker nu radikalt.1670
Häx- och trollkarlsprocesser
I april 1673 inleds rannsakningar om Blåkullafärder vid Härnösands rådstuvurätt. 1674 tillsattes en trolldoms-kommission som skulle syssla med häxprocesser. I denna satt de mest framstående ämbetsmännen i länet, såsom guvernören Karl Sparre, lands sekreteraren Magnus Blix, vice häradshövdingarna Knut Ingelsson Biörnklo och Johan Andersson Hambræus samt borgmästaren Erik Lund. Missväxten under 1674 ansåg man häxorna vara skuld till, och både yngre och äldre kvinnor dömdes till döden och halshöggs samt brändes på bål. Ofta användes barn som vittnen.1673
Fattigvården
Landshövding Strijk tog redan 1646 på ett rådstugemöte upp frågan om vård av fattiga och sjuka personer i Härnösand. Man ställde sig positiv till den frågan, men missväxt och krig gjorde att man först 1673 uppförde en sådan byggnad. Sjukstugan låg vid Södra Nygränd en bit ovanför Östanbäcksgatan. Medel till de fattigas underhåll erhöll man genom kollekter i kyrkan eller andra gåvor. Följande år bestämdes att klockaren, vid gästabud, barndop och begravningar, skulle påminna om "de fattigas del" samt avge räkenskap över densamma. Pengarna omhänderhades av kyrkvärdarna, och biskopen och kyrkorådet bestämde om fördelningen av fattigmansdelen.1680
Ett hospital uppförs
På samma tomt som gamla lasarettet uppfördes nu ett hospital avsett för "fattiga, sjuka, lytta och orkeslösa personer". Tack vare sitt läge så undgick byggnaden att härjas av eld när hela staden brann 1710 och 1721. Den användes därför som samlingsplats för stadsborna efter dessa eldsvådor. Byggnaden ägs sedan 1966 av landstinget och används numera som möteslokal.
Lars Stridsberg, borgmästare 1689 - 1696.
1689-1700
En handlingskraftig borgmästare
Vid sitt besök i Härnösand 1688 fann guvernören Otto Wellink att stadens förvaltning var i ett ynkligt tillstånd. Eftersom ordningen inom stadens förvaltning var så dålig, och partisplittringen så stor, sattes staden i viss mån under förmyndarskap av kungen. Det behövdes en duktig styresman för att bringa ordning och 1688 bestämde Karl XI enväldigt att Lars Stridsberg skulle tillsättas som borgmästare. Nils Blanck och Nils Mickelsson Jerf valdes till rådmän. Stridsberg fann att det inte fanns någon uppsyningsman för byggnadsväsendet sedan flera år tillbaks. Det fanns heller ingen stadskassa och stadens inkomster insamlades med stort besvär av två borgare som kallades kämnärer. Offentliga handlingar förvarade man i olika privata bostäder.Stridsberg började genast ordna upp dessa saker. Det togs även beslut om arbetsfördelning mellan rådmännen - något som inte funnits förut. Borgerskapet ålades också att stenlägga stadens gator. Vidare reformerades brandordning, uppsikt över stadens offentliga byggnader och inspektion av handeln. Under reformarbetet blev Stridsberg tvungen att söka stöd hos någon grupp i borgerskapet och ingick därför en allians med Blanck - Jerf partiet. Efter 1694 så var oredan utplånad och allt var åter i normala gängor.
1690 yrkade Stridsberg på att ett "Compagnie" skulle inrättas för handeln vilket också skedde. Det blev ursprunget till Härnösands nuv. handelsförening.
Stridsberg tjänstgjorde även som häradshövding och var därför under långa perioder ute på resande fot. Under den tiden sköttes borgmästare-befattningen i regel av Blanck. Blanck hade dock ett mycket hetsigt lynne som gjorde att han fick många fiender i staden. Blanck hamnade i tvist med en rådman och till slut uppsköt man svåra ärenden till Stridsberg hade återvänt. För att bli av med Blanck satte man igång en aktion där man i ett brev till kungen krävde att få sin representant Magnus Sundström till borgmästare.
Mars 1696 avtackades Stridsberg som borgmästare och borgerskapet förklarade att de önskat behålla honom längre som borgmästare. På kungens order entledigades Stridsberg och Sundström tillträdde i stället tjänsten. Den goda ordning som Stridsberg införde på alla områden i Härnösand blev även bestående sedan han flyttat från staden.
Ett gammalt badhus finns än i dag kvar på Bockholmen.
Holmar 1690
Förutom Mellanholmen fanns två andra holmar i sundet mellan Härnön och fastlandet.Kronholmen och strax norr om den Bockholmen.
Vid den här tiden var det smala sundet mellan Kronholmen och fastlandet så grunt att Bondsjö byamän klagade över att stadsbornas kreatur, som betade på Kronholmen, vadade över och gjorde ohägn på byamännens mark. Den 27 sep 1695 förklarade därför landshövdingen att stadsborna inte fick hålla kreatur på Kronholmen utan att stänga för.
Sjöbodar och magasin samt en väderkvarn var den enda bebyggelsen.
Enligt en karta från 1783 var Kronholmen skilt från fastlandet av ett mycket smalt sund och kort därefter hade landhöjningen gjort att Kronholmen var en del av fastlandet. Kronholmstjärnen eller "Bränneritjärnen " var dock ännu vid 1800-talets början en fjärd som kallades Brännerifjärden.