1602
Staden utökas med byarna Hov och Fågelsta
Karl IX var den första svenska kung som besökt Härnösand. Han tillerkände staden fullständig äganderätt till byarna Hov och Fågelstas marker på Härnön. Kungsgården i Fågelsta tillhörde nu staden.1606
Kungsgården flyttas från Fågelsta till Konungsholmen (Kronholmen)
Kungsgården, som var fogdens bostad flyttades nu till "Konungzholmenn" som senare ändrade namn till Kronholmen. Där uppfördes Härnöholm - en ny kungsgård av trä. Eftersom det inte fanns utrymme för jordbruk här så gjordes den angränsande byn Bondsjön, med sin 46 ½ seland brukad jord, till ladugård under Härnöholm. Ladugården var en stor anläggning som levererade hästar, lax, strömming, hampa smör m.m.1610
Detta år finns det enlig mantalslängden 213 personer i Härnösands stad
1612 - 1645
Älvsborgs lösen och indragna handelsrättigheter
Under dessa tunga skattebördor samt det s.k. "Bottniska handelstvånget" 1636, så stannade stadens utveckling upp i ett decennium. Fattigdomen och det faktum att de norrländska städerna nu var förbjudna att segla till andra orter än Stockholm och Åbo slog hårt.1621
Stadsfängelset "Härnösandz Kistan" omtalas första gången
Härnösandskistan hade flera rum men saknade anordningar för uppvärmning. Fängelset låg förmodligen vid Stortorget.1622 - 1642
Ny skatteform
Staket byggs runt staden och tullstugor uppförs. Denna nya skatteform kallades "lilla tullen" och skulle uppbäras på alla "ätliga, slitliga och förnötliga varor" som infördes från landsbygden till någon stad. För detta byggdes ett staket runt staden som skulle vara 8 alnar (4,75 m) högt. En tullstuga uppfördes i nordöst och där staketet slutade vid vattnet, söder om Mellanholmen, gick en bom över till fastlandet. 1642 fick stadens södra tull en ny tullstuga som förmodligen var belägen i hörnet av nuvarande Storgatan och Hospitalsgatan. Vid den här tiden användes en färja för att komma över sundet.1640
En trivialskola upprättas
Skolan låg i nordvästra hörnet av Nybrogatan och Trädgårdsgatan. Bland läroämnena fanns latin, grekiska, teologi, filosofi, välskrivning, innanläsning, räkning och musik. Skolans viktigaste inkomst var djäknepenningarna på 6 öre som varje bofast person skulle erlägga för deras underhåll. Avsikten var att utrota "djäknarnas sockengång" det vill säga kringvandrandet i bygderna för att tigga medel till skolgången. Djäknepenningarna användes även för att avlöna skolans lärare.
Detta porträtt, som man tror föreställer Hans Strijk, kan beskådas i Barsvikens fiskarkapell. Målningen har måtten 77 x 96 cm.
1646
Härnösand blir residensstad och får landshövding
Efter att båda hans föräldrar avlidit, så skickades den baltiske adelsmannen Hans Stryk, vid 12 års ålder, till Sverige där han erhöll plats hos Johan Skytte som page. Han valde tidigt krigaryrket och deltog i ryska, tyska, franska, danska och venetianska förband som befäl. 1631 naturaliserades han till svensk under adelsnamnet Hans Strijk.1645 var freden i Brömsebro ett faktum och Sverige erhöll då från danskarna Jämtland, Härjedalen, Gotland, Ösel och Halland på 30 år. Strijk hade under erövringen av Jämtland 1644 verkat som kommendant och landshövding. Axel Oxenstierna föreslog nu till riksrådet att en f.d. överste för ett västgötiskt infanteriregemente, Karl Hård av Segerstad, skulle utnämnas till landshövding över Medelpad, Jämtland och en bit av Ångermanland. Men eftersom Hård var gammal och sjuklig utsåg regeringen i stället Strijk, och den 18 oktober 1645 utnämndes han till landshövding. Oxenstierna kom så småningom att tänka om beträffande Strijks olämplighet.
Strijk hade inte så stor tur med sina tjänstemän och fick ofta ordna upp efter förskingringar och annat som de ställde till med. Strijk gifte sig i början av 1630-talet med Britta Skytte av Sätra. Familjen fick sju barn tillsammans och bodde framförallt i Västerhaninge socken, två mil söder om Stockholm. Landshövding Strijk avled 14 feb 1653 och jordfästes i Riddarholmskyrkan i Stockholm där en skulptur på gravmonumentet avbildar makarna Strijk.
1647
En ny kungsgård, d.v.s. ett residens för landshövdingen, uppförs på Stora torgets östra sida
Redan 1646 hade frågan om ett residensbygge tagits upp på ett landstingssammanträde. Om drottningen skulle gästa staden så fanns det ju inga "ackomoderliga logementer" i motsats till alla övriga län, ansåg man. Efter beviljat bidrag från landstinget inköptes 1647 fem tomter på torgets östra sida, söder om nuv. Trädgårdsgatan. Byggnaden stod klar 1649. Den var knuttimrad med minst två skorstenar och hade förmodligen måtten 25 x 12 m. Länssammanslagningen 1654 medförde att staden förlorade sin landshövding och att residenset förföll. Residenset revs mellan 1694 och 1696.1648
Ett skeppsvarv anläggs det här året i Härnösand
1651 sänds krigsskeppet "Härnösand" till Stockholm för att förevisas.